杨仁树1989年研究生毕业以来，一直从事岩土工程专业的教学、科研工作和学校行政管理工作。作为项目负责人或主要参加者，完成了13项国家自然科学基金、煤炭科学基金、省部级重点与一般科研项目及35项横向科研项目。发表学术论文68篇，其中EI收录21篇；出版专著、教材三部。获国家和省部级科技进步奖10项，其中作为第一完成人获省部级一等奖2项、二等奖2项、三等奖1项；作为主要完成人获省部级一等奖4项、三等奖1项。1994年破格晋升副教授，1998年破格晋升教授。1994年获准享受政府特殊津贴。1994年获中国科学技术发展基金会“孙越崎优秀青年科技奖”。1997年获中国科学技术发展基金会“茅以升北京青年科技奖提名奖”。1998年获霍英东教育基金会“高等院校青年教师奖（研究类）”。1997年被确定为江苏省“333跨世纪学术、技术带头人培养工程”第二层次培养对象。1998年被确定为煤炭系统专业技术拔尖人才。2000年获教育部首届“青年教师奖”。2003年被评为中国煤炭工业技术十大科技创新优秀人才。开创性地建立了国内外第一套爆炸荷载动焦散测试系统，研究了层节理介质爆炸应力场分布、裂纹破坏模式及其扩展规律；致力于煤炭开采领域科研工作，紧密结合现场实际，研究解决了煤矿深部开采若干关键技术难题；主导了定向断裂爆破技术推广，研制出的适合岩巷掘进定向断裂爆破的聚能药卷，周边定向断裂爆破是继巷道光面爆破的又一次技术革新，提升了我国巷道掘进技术水平。目前主持国家863项目（2007AA06Z131）的专题5“深凹露天矿邻近边坡定向断裂爆破技术及设计方法”，正与多个煤矿企业合作开展巷道掘进和深部开采关键理论与技术的科研工作。2013年，煤矿岩巷全断面高效掘进关键技术与装备，获得2013年度国家科技进步二等奖。先后培养出硕士、博士多名。

杨仁树获得荣誉奖励有：

科研成果获国家教委、教育部科技进步一等奖三项，

获煤炭工业科技进步一等奖三项、二等奖两项，

1994年获孙越琦青年科技奖，同年获准享受政府特殊津贴；

1996年被授予中央国家机关优秀青年；

1997年被确定为“江苏省跨世纪学术、技术带头人培养对象（第二层次）”；

1998年获霍英东青年科技奖；2000年6月荣获教育部首届“青年教师奖”；

2003年被评为煤炭工业技术创新优秀人才；

2013年度国家科技进步二等奖（排名第一）。